1773 m. bajoras Mikalojus Šmigelskis Ceikiniuose pastatė medinę bažnyčią ir paskyrė jai beneficiją. 1921 m. įsteigta parapija. Pirmojo pasaulinio karo metais bažnyčia sudegė ir atstatyta tik po karo. 1947 m. klebonas Bronius Laurinavičius bažnyčią padidino. 1963–1979 m. joje klebonavo Karolis Garuckas, aktyviai gynęs tikinčiųjų teises (palaidotas šventoriuje). 2016 m. bažnyčia degė dar sykį. Dabartinė Ceikinių Švč. Mergelės Marijos vardo bažnyčia atstatyta vos per metus – 2017 m. Ceikinių bendruomenės iniciatyva. Šventoriuje stovi po gaisro išlikusi 3 aukštų medinė varpinė.
Ceikinių Švč. Mergelės Marijos vardo bažnyčia buvo unikali tuo, kad puikiai atspindėjo XVIII a. medinės sakralinės architektūros tendencijas. Šventovės erdvę puošė trys altoriai, vertingi to laikotarpio paveikslai, vėlesni liaudies meistrų kūriniai, liturginiai reikmenys, tačiau išliko tik nedidelė jų dalis.
Po gaisro labai grazi atstatyta Ceikiniu baznycia . Patiko.